La préparation de la charte selon un processus participatif par construction, donc étalé sur plusieurs années, a souvent soulevé des interrogations voire des inquiétudes, portant essentiellement sur le niveau de protection du parc qui pourrait résulter de la charte, sur le statut de l'aire d'adhésion, sur les implications de la « solidarité écologique » avec le coeur, et sur les modalités pratiques de gestion des opérations qui seront conduites dans l'aire d'adhésion, s'agissant notamment des prérogatives des élus communaux.
Certaines déclarations et prises de position publiques, pendant l'année 2012, et des supputations sur l'adhésion des communes à la charte, dans certains parcs nationaux en particulier dans celui de la Vanoise, ont pu donner l'impression à certains d'une « crise des parcs nationaux ». La mission du CGEDD estime tout d'abord que si des tensions existent en effet dans certains territoires, il convient de ne pas les surévaluer.
Elles participent des ajustements et des adaptations inévitables pour toute réforme d’envergure. Les situations restent évolutives dans la plupart des parcs. Le travail important réalisé par les directions des établissements publics, avec l'appui des présidents des conseils d'administration, à l'occasion de la préparation des chartes aura des effets positifs tant sur les positions à l'égard des chartes que sur la place et le rôle des parcs.
S'agissant de la loi du 14 avril 2006 et de ses effets dans les parcs nationaux, la situation apparaît contrastée selon les parcs (d’autant plus que leur histoire et leurs caractéristiques géographiques les rendent en fait sensiblement différents les uns des autres).
Dans bien des territoires, le passé continue de peser sur les positions locales, à l'égard de l'établissement public du parc comme dans les débats relatifs à la loi de 2006 et sa mise en oeuvre a fait resurgir des insatisfactions anciennes. Mais, si celles-ci ne doivent pas être négligées, la mission relève que les objectifs et les principales dispositions de la loi du 14 avril 2006 sont appréciés par les acteurs locaux. La nouvelle gouvernance est comprise comme une inévitable adaptation au contexte de la décentralisation et personne ne songe à revenir au système antérieur, nettement plus étatisé. Des ajustements dans l'organisation de cette gouvernance, de façon à permettre une meilleure prise en compte de la diversité des positions et des intérêts
sont demandés par certaines parties. La modification de la loi de 2006 qu'elle impliquerait n'apparaît cependant pas nécessaire dès à présent. La mission, rejoignant en cela l'avis de la majorité des interlocuteurs rencontrés, estime préférable de n'envisager des adaptations de la loi qu'une fois que toutes les chartes auront, après leur approbation, été effectivement mises en oeuvre pendant une durée suffisante".
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